[Eims]

Подключение к MySQL выносишь в отдельную библиотеку и снабжаешь её всеми вспомогательными функциями (типа получения ID подключения и т.п.). В остальных библиотеках уже работаешь с этими функциями.

Полностью независимые библиотеки создать не получится, как бы ты не пытался, ибо практически во всех системах есть что-то общее и часто эти системы должны "общаться" между собой. Можно лишь древовидную систему зависимостей реализовать и не более.