[Bombo]

Во-первых, запускать сервер под root - не самая лучшая идея.
Во-вторых, точно ли нет других стартов сервера (через cron, например).
Что показывает в консоли free ?
Ещё, как вариант, это могут быть потоки для ботов. Мне не приходилось их широко использовать, потому точно сказать не могу.