По любому таймер нужен. Мне же надо знать в какой момент делать рассчет системного времени.
А я и не говорю убирать. В обработчике таймера вызывай GetTickCount() (и вычетай из него прежнее значение GetTickCount()) вместо учёта интервала времени, с которым он у тебя вызывается.