[CristianHG]

<?

session_start(); // Agregalo en el archivo principal de tu sitio

$db = new mysqli('host','user','password','db'); //Usamos MySQLi, modifica los datos

$query = "SELECT * FROM usuarios WHERE id='".$_SESSION['id']."' AND WHERE certificador ='1';" // Ajusta la query a tu gusto

$num = $db->query($query); // Hacemos la query

$result = $num->num_rows; // Miramos cuantos registros existen con el criterio

if ( $result > 0 ) // Miramos si es mas que uno
$_SESSION['certificador'] = 1; // Establecemos la sesiуn

?>
Ahora la otra condicional
<?

if ( $_SESSION['certificador'] == 1 )
echo "<li><a href="\certificar.php\">Certificar</a></li>";

?>

Si tienes algъn error me contactas por mensaje privado.